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一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奥利安座渣加等五…
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遥远的东西伯利亚，北风呼啸，暴雪横飞，这个冬季变得格外漫长，不祥的气息在空气中肆意弥漫。正在此地修炼的冰河，偶然救助一个被人追杀的男子。从他的口中，冰河得知北欧的神之大陆发生巨大变故，神与神的战争一触即发。在此之后，冰河神秘失踪，纱织小姐带领星矢等人拜访了神之大陆的教主多路巴，然而对方顾左右而言它，神域之行一无所获。多…
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神话时代，宙斯之子亚伯妄想统治大地，他自称“太阳神”，张扬跋扈不可一世，最终遭到宙斯和阿波罗的抹杀。数千年后，亚伯复活，假上天之名欲淹没人类文明，重建众神世界。他邀请雅典娜和其共同统领世界，并用神力复活战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗杀亚伯，反被其所害。星矢、紫龙、冰河等人来至太阳神殿，遭遇日晷战士和黄金圣斗士…
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不祥之夜，四道邪恶光芒侵入圣域，以迅雷不及掩耳的速度击倒多名黄金圣斗士。来者乃圣魔天使，是堕落天使路西法的手下。神话时代，路西法试图凌驾众神之上，最终被打入魔界。他怀着恐怖罪恶的念头复活，凭借堕入魔界的波塞冬、艾丽丝、阿波罗小宇宙的支持，路西法在世界各地掀起连番灾难，人类命运危在旦夕。为了拯救人类，纱织小姐情愿献出圣血…
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与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。 然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典…
