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由纪在被中学同学纯和大学前辈和也同时告白后，选择了与和也交往，不久和也又与前女友旧情复燃，纯始终安慰着悲伤的由纪，但由纪又忘不了自己一直喜欢的前辈，维持着复杂的三角关系。小学一年级时香织就开始喜欢曾借给自己铅笔橡皮的同班同学堀内，但由于太想接近对方，她的单恋一直没有进展，不过香织始终没有放弃，追随着堀内的脚步念了高中、…

为了调查和反抗“海迪安”，人类组织起了名为“N.I.D.F.”的国际防卫组织，战斗机驾驶员哀羽修他们，就这样被卷入了与“海迪安”之间的战斗。　　N.I.D.F.的科学主任流姬那由乃所调查的“死者之书”中究竟写了什么？它和“海迪安”之间又有什么关系？