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阿尔扎诺帝国帝国魔术学院的兼职讲师葛伦雷达斯是假自习之名行打瞌睡之实的惯犯。就算难得站上了讲台,他也是专搞直接把课本钉在黑板上之类的花招,耍废的程度连学生也不以为然。被这样的葛伦惹恼的学生──有著“师见愁”之名的西丝蒂娜席贝尔向他提出了决斗。结果令人遗憾地,葛伦以悬殊的差距吞下了败战……然而学校发生了前所未有的恐怖事件…
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幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树,与4位少年少女相遇了。在那之后数年,理树作为Little Busters的一员,喧闹地过着快乐的每一天。这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍,理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上…