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沙魯奈公主乘機前往日本途中，飛機突然爆炸，唯公主一人得以生存並降落地球，可是其意識轉為有預言能力的金星人，這金星人的使命就是要拯救將要滅亡的地球，金星的文化科學被宇宙怪獸奇古度拉破壞淨盡，奇古度拉的下一目標就是地球，可是地球怪獸哥斯拉跟拿頓卻互相仇恨，並沒有助人類的打算，魔斯拉唯有出動苦勸，望說服牠兩對抗奇古度拉。
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接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍…
