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穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢…

某日，過氣的童星蓋文史東因酒後失序被捕，為了不入監服刑，他被迫到教會當義工，從事打掃清潔的工作。然而，他不想做這工作，因此假裝成虔誠的基督徒，並爭取到教會年度的受難劇中飾演耶穌。最後他卻發現，人生中最重要的一個角色原來並不在好萊塢…